Đến cuối năm 2013, Công đoàn ngành Công Thương tỉnh Khánh Hòa có 58 Công đoàn cơ sở (CĐCS) trực thuộc, trong đó có 03 CĐCS là cơ quan hành chính sự nghiệp, 29 CĐCS là Công ty Cổ phần, 18 CĐCS là Công ty Trách  nhiệm hữu hạn, 7 CĐCS là Doanh nghiệp Tư nhân và 01 CĐCS là Hợp tác xã.

Kết quả xét thi đua cuối năm 2013, có 51 CĐCS đủ điều kiện được xếp loại, đạt tỷ lệ 87,9%, 07 CĐCS không được xét thi đua do ngừng hoạt động và mới thành lập, 26 CĐCS đạt danh hiệu vững mạnh xuất sắc (chiếm 51% tổng số CĐCS được xét), 13 CĐCS đạt danh hiệu vững mạnh (25,5%), 08 CĐCS xếp loại khá (15,7%) và 04 CĐCS xếp loại trung bình (07,8%), không có CĐCS yếu kém. Với kết quả này, Ban Thường vụ Công đoàn ngành Công Thương đã đề nghị Liên đoàn Lao động tỉnh tặng Bằng khen 7 tập thể và 12 cá nhân.